APPBOSA, es una asociación sin fines de lucro, constituida de acuerdo a las disposiciones del Código Civil peruano. Como tal, su organización se encuentra conformada por la Asamblea General; la Junta Directiva y el Comité de Fiscalización. La gestión ejecutiva se encuentra a cargo del Gerente General.
La Asamblea General
La Asamblea General de Asociados es el órgano supremo de gobierno de la asociación y está conformada por todos los asociados con derecho a voto. Se reúne en sesión ordinaria la primera semana del mes de febrero de cada año, en tanto que lo hará en sesiones extraordinarias cada vez que lo convoque la Junta Directiva a través de su presidente.
La Junta Directiva
La Junta Directiva es el órgano de administración, dirección, gestión, representación de la Asociación y está integrado por un presidente, vicepresidente, secretario de economía, secretario de actas, secretario de organización, secretario de prensa y propaganda, secretario de cultura, secretario de salud y bienestar social y secretario de disciplina.
El presidente
El presidente de la Asociación es el representante legal y le corresponde convocar y presidir las sesiones de la Asamblea General de Asociados; así como de la Junta Directiva. Tiene la responsabilidad de velar por el cumplimiento del Estatuto, de los acuerdos de la Junta Directiva y Asamblea; el cumplimiento de la política administrativa, económica y financiera, teniendo en cuenta los objetivos de la Asociación. Además en el Estatuto se establecen las funciones del presidente.
El Gerente General
El Gerente es el funcionario ejecutivo del más alto nivel de la Asociación y, como tal, le competen con responsabilidad inmediata ante el Consejo Directivo. Ejerce la representación administrativa y judicial de la Asociación. Suscribe los actos conjuntamente con el dirigente o funcionario que determinen las normas internas.