APPBOSA, de acuerdo a su Estatuto está conformado por tres órganos de gobierno. La Asamblea General de Asociados, que se encuentra conformada por los productores de banano debidamente incorporados; la Junta Directiva elegida de acuerdo a los procedimientos internos, y el Comité de Fiscalización que se encarga velar por la transparencia y legalidad en los actos de la Asociación.

Los asociados son aquellos productores de banano, que han cumplido con los requisitos para integrar APPBOSA y suman hasta el momento 270 personas.

De acuerdo al Estatuto hay asambleas ordinarias y otras extraordinarias donde se deciden los asuntos fundamentales de la organización.

Para garantizar una democracia real y tener informados a nuestros asociados tratamos de realizar una Asamblea mensual.