La organización tuvo como primer presidente de la Junta Directiva al señor Valentín Ruiz Delgado y en la parte administrativa se designó como Administrador General al Ing. Jim Wilson Ruiz García, quien se encargo de realizar las primeras acciones administrativas para consolidar la organización como un ente lider en la producción y proceso de empaque del banano orgánico.
Posteriormente se procede a aprobar la nueva organización interna de APPBOSA y se crea la Gerencia General que es asumida por el Econ. Aíngeru García San Martín, impulsando nuevos proyectos, unos en marcha y otros en proceso de ejecución.